1894年香港鼠疫是19世紀末至20世紀初鼠疫第三次全球大流行中的一次重要爆發。1894年5至10月,在香港大流行的鼠疫導致2000人以上喪生,三分之一的人口逃離香港。此後至1926年的30年間,鼠疫幾乎每年都在香港出現,總共導致超過2萬人死亡。通過香港的海上交通,源於中國雲南的這次鼠疫大流行在1894年以後輾轉傳播各地,最終遍及全球所有有人類居住的各大洲。另一方面,細菌學家在1894年首次在香港分辨出導致鼠疫的病源體鼠疫桿菌,為防治鼠疫開始了重要的一步。這次鼠疫全球大流行相信源自中國西南的雲南。1850年代中起,當地每年皆有相信是鼠疫的疾病報告,但未向外擴散。1855年至1873年間,雲南回民之亂,部份雲南人口遷移,相信鼠疫是此時隨之遷移至人口較多之兩廣一帶。1882年,廣東北海(現屬廣西境內)熱病爆發,經調查後懷疑是鼠疫,此後鼠疫成為當地風土病。1894年2月,疫病開始在廣州大規模爆發,至5月已導致超過5萬人死亡。其時香港廣州兩地交通頻繁,從廣州到香港的輪船每天有3至4班;每週從廣州抵港的人數超過1萬人。疫症2月在廣州爆發後,有部份人從廣州到香港暫避。
國家醫院的主管醫生詹姆斯•勞森(James A Lowson)得知廣州爆發鼠疫,於4月底前往調查。勞森於5月8日回港。次日便在政府的國家醫院發現一名懷疑染上鼠疫的病者。勞森前往華人的主要醫院,使用中醫治療的東華醫院,發現原來該處已有20人患上鼠疫,而且病況嚴重。而據報,另外已有40多名華人死亡。病者多數來自上環華人貧困者聚居的太平山街。5月10日,代理香港總督據衛生條例,宣布香港為發生鼠疫的疫埠,並隨即緊急頒布防疫條例,試圖阻止疫病蔓延。政府的措施包括強制將鼠疫患者隔離治療;規定鼠疫死者屍體必須交政府處理;對曾有人染上疫症的民居進行清洗消毒。為接收眾多隔離患者,將醫院船「海之家」(Hygeia,即健康女神)從昂船洲移至西環對開維多利亞港作專門醫院,又在堅尼地城警署成立臨時醫院。然而當時多數華人對西醫並不信任,亦不理解衛生當局的防疫方法,對這些措施不願合作。很多貧窮的病患者留在家中沒有接受任何治療,病死後屍體被人在黑夜中拋棄。政府出動英軍及警察,前往疫情集中的地區逐戶入屋搜查,隔離病患及進行消毒;但這樣引來更多不滿。華人透過東華醫院向政府要求准許病患者離港返回內地。在香港及廣州皆有出現針對西醫以至英國人的傳言,稱西醫隔離治療有不可告人秘密。為了控制疫病在市內蔓延,政府規定同屋有人染疫,而知情不報者會受罰。同時將衛生情況惡劣的民居封閉。其中疫病傳染最為嚴重的太平山街一帶,土地被政府通過緊急條例收回,約7000名居民全部被遷出,更增加華人的不滿。此時有傳言,稱港府若清拆太平山街,將襲擊廣州的英人報復。香港總督羅便臣一方面要求兩廣總督李瀚章諭告辟謠及保護廣州的外國人;於5月底又在堅尼地城玻璃廠增設臨時隔離醫院代替醫院船海之家,專門用來接收華人,並交由東華醫院的華人管理及使用中醫治療。
疫病在五至六月高峰時每天新症達80宗,死亡人數最多時每天超過100人。香港的華人大量離港前往內地暫避,至6月已有超過8萬人離港,佔香港人口三分一。至6月中,堅尼地城的玻璃廠接受病人已達200人,比原擬的人數超過一倍。此時廣州方便醫院向港府表示願意接收香港的鼠疫患者,政府於是讓步,將原來於堅尼地城玻璃廠關閉,大部份華人病者被送回廣州,其餘送往堅尼地城屠房改成的醫院或當時仍屬華界的荔枝角。7月起,疫情稍為緩和。至當年9月底,疫情終於暫時終結。據官方統計,最少2500人死於這次鼠疫爆發;然而此統計不包括未被送入醫院的死者,實際人數不止於此。紀錄中,華人佔病患98%以上,死亡率高達95%以上;非華人病者不足50人但死亡率則較低。死者中三名為醫護人員。港府又進行大規模滅鼠運動,徹底消滅瘟疫。上環太平山街華人聚居的房屋最終全部被拆掉,現時該處為卜公花園。
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