今(6)日林佳龍立委在交通委員就審查自由貿易管區設管條例向交通部長毛治國提出質詢及修法意見。林佳龍委員表示，目前很多廠商很重視國內自由貿易港區與自由經濟示範區的規劃，也思考未來怎樣去申請運用。但是目前自由貿易港區與自由經濟示範區的關係為何?已經申請設置自由貿易港區的海空港及周邊產業區，未來是否也會成為自由經濟示範區連交通部、經建會都不確定，實在看不出整體國家經建發展目標。
毛治國部長表示，，自由貿易港區模式是境內關外，可以前店後廠，各個港有各種模式在發展，交通部還未看到經建會的經濟示範區，自由貿易港區是自由經濟示範區很核心的一部分，成長情況很好，在產值上海運有130%的成長，含空運有 160%的成長。
林佳龍表示，自由經濟示範區的概念不只是自由貿易相關租稅的減免，還牽涉到特許事業的放寬，國際人員自由流動等重大議題，因此自由貿易港區與自由經濟示範區，如果在目的與功能上不是完全獨立的制度，應由行政院成立專責委員會來統一處理。他舉例，當遇到某海空港同時申請成為自由經濟示範區(主管機關預定是經濟部)及自由貿易港區(主管機關交通部)時，現在規劃由交通部成立「自由港區跨部會推動小組」負責審議自由港區發展政策及劃設案件，是否層級夠高？
林佳龍也提出在草案中第二十九條，有關將該自貿港區內營利事業之簡易加工貨物，售與國內客戶之比例超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額百分之十者，其超過部分不予免徵營利事業所得稅之規定。這項規定，恐怕將促使產業群聚整體移往自由貿易港區內的海空港與周邊產業區，藉以規避營所稅，造成產業群具集中在少數自貿港區所在地發展不均現象，也會致使原先已經在自由貿易港區外的產業園區廠商，缺乏進駐自貿區投資的意願。林佳龍建議交通部再就百分之十的比例限制加以考慮，或國內客戶的定義，朝鬆綁方向研究。毛部長表示，之所以訂10%是吸引以全球為市場的業者為對象，林委員的建議可以檢討 。
自由貿易管區設管條例第九條與第三十六條條文內容規範了自由貿易港區管理機關的業務範圍，許多係屬於公權力範圍，如走私稽查，人員進出管理等，因此雖然自由貿易港區要落實管理機關與營運機構分離，然而管理機關只是從中央交通部與相關業務部會，連合委任給國營性質的台灣港務公司。林佳龍建議毛部長未來台灣港務公司如何與營運機構分工，又如何設計才不會阻礙台灣港口營運機構的國際化，如委託由國際團隊來營運，請交通部好好規劃。
