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1. 領域：Biology
2. 期刊名稱：Nature Communications (2015 IF: 11.47)
3. 被accepted/revised/rejected：Accepted
4. 投稿後大約多久才收到結果：
Manuscript submitted 2015-02-11
Manuscript under consideration 2015-02-12
Manuscript with reviewers 2015-02-17
Awaiting resubmission 2015-03-31 (NCOMMS-15-02779A)
Manuscript submitted 2015-06-30
Manuscript under consideration 2015-06-30
Manuscript with reviewers 2015-07-02
Awaiting resubmission 2015-07-12 (NCOMMS-15-02779B)
Manuscript submitted 2015-07-17
Manuscript under consideration 2015-07-17
Manuscript with reviewers 2015-07-20
Awaiting resubmission 2015-07-24 (NCOMMS-15-02779C)
Manuscript submitted 2015-08-03
Manuscript under consideration 2015-08-03
Accepted 2015-08-07
PDF proof available 2015-08-27
Annotated proof sending back 2015-08-29
Published 2015-09-18
5. Reviewer的數目：2 (第一輪共 9 comments, 4 與 5; 第二輪 2 comments, 2 與 0)
6. 心得：
這是博班主要的計畫，主要是定序一種海洋生物的基因體。隨著現在定序
的價錢愈來愈低，基因體的文章也愈來愈不值錢了。最近在 Nat Commun 還
看到一篇定兩種蝴蝶再加做 CRISPR (註1) 的，然後隨隨便便 scaffold N50
(註2) 就跑到 1 Mb 以上，是想逼死誰...
這個計畫從 2012 就開始做了，一開始是用 454 (現在公司已經收起來了)，
後來加用 Illumina 的 MiSeq 跟 HiSeq，最後加了一點 PacBio。
除了基因體的數據，我們也用了大量轉錄體，甚至蛋白質體。現在單一基因體
的計畫要發好文章簡直比登天還難了。有些是定了超多不同個體，大概 2011
到 2012 年左右之後是一個分水嶺，比如說：
2013 年 Nat Genet: 兩種烏龜
2013 年 Nature: 三種海洋無脊椎
2014 年 Cell: 89 隻北極熊跟棕熊
2014 年 Science: 20 隻兔子
2014 年 Science: 48 種鳥 (Order genome project 包了鳥所有的目)
2014 年 Nature: 四種絛蟲
2014 年 Nat Commun: 兩種蜘蛛
2015 年 Nat Genet: 三種海洋哺乳類
2015 年 Nat Genet: 69 隻豬
或者是一個基因體加很多不同的轉錄體：
2013 年 Science: 一種櫛水母基因體 + 另外 10 種轉錄體
2014 年 Nature: 一種櫛水母基因體 + 另外 9 種轉錄體
2015 年 Nature: 一種章魚 + 12 個組織的轉錄體
我們一開始也試投 Nature，但是三天就被退回來，建議轉投 Nat Commun。
後來再試試看 Science，更快，兩天就退稿，建議轉投他們的新期刊
Science Advances。這些期刊退稿手腳非常俐落，幾天到一週內就會有結果。
附帶一提，根據投稿流水號，Nature 大概一天收到 50 篇投稿。Nat Commun
大概是每天 70 篇左右。所以有非常大量的稿件基本上編輯自己看個兩下就
下決定了。以 Nat Commun 去年的發文量大約在 3,000 篇來看，每天收到
70 篇文章最後的接受率大約在 15-20%。
投稿完的狀態，Nature 系列雜誌似乎喜歡用 Manuscript under
consideration，基本上如果編輯喜歡這篇文章，送審時間會在一週以內。
拿到 Manuscript with reviewers 表示這篇文章最起碼被送外審了。
如果直接拿到 Decision sent to author 就是表示 GG 的意思。看一下
信箱就會看到罐頭拒絕文。
第一次審閱的意見大概一個半月回來，編輯給三個月時間修改。最後文章修
了兩輪，第一輪非常快，10 天意見就回來了，搞定了 reviewer 2 的意見，
表示可以接受。可是 reviewer 1 還不滿意，編輯又給了六週。但是我已經
不想補那些實驗了，會沒完沒了。
所以就補一些分析，然後 cover letter 跟編輯說明一下狀況。最後一輪，
意見 4 天後就回來，reviewr 1 似乎也曉得我們的難處，也覺得我們的說
明很合理，也就接受了。
最後編輯給兩週的時間做一些期刊格式上的修改，另外上傳所有定序資料的
原始讀取數據，我花了一些時間搞清楚怎麼把東西上傳到 NCBI，然後請 NCBI
的人幫忙我們另外做一套基因體的註解 (NCBI 有一套他們的自動流程)。
編輯要求的修正結束後，約 2-3 週的時間拿到 PDF 檔校稿，校稿完約再
三週登出。
距離投稿到登出來，大概七個多月，如果仔細看一下 Nat Commun 的文章，
其實都搞蠻久的，大概平均也要半年的時間吧。感覺是不注重速度比較在乎
品質的期刊。(我有另外一篇小的比這篇要晚投，晚修改，比這篇還早登出來。)
附帶一提，2014 年 10 月以後所有投稿的文章都必須選擇 open access (OA)
，用 Creative Commons (CC) 4.0 License。發表費用是 5,200 美金
約 17 萬台幣。是目前最貴的 OA 費用，不過我想如果文章被接受實驗室應
該很樂意付才是。
以上，一點心得分享。祝大家投稿順利。
註解：
1. 近來很夯的 genome editing 技術，是大腸桿菌用來防禦病毒的免疫系統，
經由人為修改之後可以使用一條 RNA (guide RNA) 跟 cas9 這個蛋白質去
修改 DNA 的序列。
詳細請看發明者 Jennifer Doudna 在 iBiology 的介紹：
https://www.youtube.com/watch?v=SuAxDVBt7kQ
2. N50 是基因體片段 (contig 或 scaffold) 從大排到小，加起來，到了一
半基因體大小的那個基因體片段的長度。越長代表組得越好。
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.107.60.147
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/PhD/M.1442684562.A.975.html
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 09/20/2015 02:06:19
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 12/12/2016 01:13:36
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