2021年4月8日，臺北市萬華區長沙街二段（近康定路口），艋舺清水巖祖師廟在半世紀前因道路拓寬而被拆除的部分，正在蓋回來。（張哲生 攝）
艋舺清水巖祖師廟在被指定為古蹟（1985年）之前，於1969年至1975年間，其右護龍（北側廂房）因長沙街之拓寬而被切掉將近一半的空間，之後興築的北側牆面結構則是混合了石牆、斗子砌牆及紅磚牆，並非祖師廟最初的磚造古牆。
臺北市文化局之2019年5月8日北市文化文資字第1083016917號函決議：先以祖師廟古蹟保存區967地號內先行修復；維持既有道路寬度，人行道縮減，公共設施保留不動。
艋舺清水巖乃自福建泉州安溪清水巖分靈來台祭祀，於清乾隆52年（1787年）創建，清咸豐3年（1853年）發生「頂下郊拚」時被燒毀，後於清同治6年（1867年）重建。
艋舺清水巖廟宇兩廊曾於日治時期用作總督府國語學校附屬學校（今台北市老松國小）、台北州立第二高級中學（今台北市成功中學）、艋舺第二公學校（今台北市龍山國小）等校初創期之校舍，對教育的貢獻良多。今址為台北市萬華區康定路81號（康定路與長沙街交會處），與艋舺龍山寺、大龍峒保安宮合稱「台北三大廟門」，也與三峽祖師廟、淡水祖師廟合稱台北地區三大祖師廟。
艋舺清水巖俗稱艋舺祖師廟，目前廟前牌樓上的全名為艋舺清水巖祖師廟，主祀清水祖師，最早興建於1787年（後於1867年重修，1875年竣工），1985年被內政部公告為國家三級古蹟，現為直轄市定古蹟。
清水祖師為安溪人的守護神，早期，台北盆地周圍多為安溪移民所開拓，故台北地區清水祖師廟林立；在台北的清水祖師廟中，又以艋舺祖師廟、三峽祖師廟與淡水祖師廟三地最為重要，而其中又以艋舺祖師廟最具歷史特色，象徵泉州三邑人、同安人、漳州人與客家人外的第四種移民勢力，還見證了「頂下郊拚」這場影響台北歷史甚鉅的械鬥事件。
1780年代自中國大陸渡海來台的福建泉州安溪移民，公推翁有來為董事，募得30,000銀元，為其從泉州府安溪縣蓬萊鄉清水巖攜來的清水祖師香火，於1787年（清乾隆52年）在台北艋舺修築廟宇，1790年（清乾隆55年）落成，即今之艋舺清水巖。
1817年（清嘉慶22年）6月，颱風侵襲艋舺清水巖，翁有來於是又向鄉人募捐5,000銀元重修。
後來，泉州三邑人為了爭奪艋舺的商業利益，於1853年（清咸豐3年）與同安縣人發生「頂下郊拚」事件。當時居住於艋舺的泉州三邑人，欲攻打同安人，但苦於沼澤之礙，便想由清水巖通過，故向安溪人要求燒毀清水巖，並答應事後將重修清水巖。
沒想到「頂下郊拚」事件之後，三邑人竟毀約，於是清水巖董事白其祥只得向安溪移民募款25,000銀圓以重建清水巖，並於1867年（清同治6年）動工整修，但工程進度緩慢，一直到1875年（清光緒元年）才完工。
當時的艋舺清水巖有三殿，格局完整，但後殿於1940年（日昭和15年）遭大火燒毀，迄今未重建，因此目前僅剩三川殿及正殿。
艋舺清水巖在日治初期的1896年（日明治29年），被台灣總督府用來當做總督府國語學校附屬學校（今台北市老松國小之前身）之校舍。該校於1906年（日明治39年）1月遷至現址（蓮花池畔），並改名為艋舺公學校。
1919年（日大正8年）4月1日，艋舺第二公學校（今台北市龍山國小之前身）也在艋舺清水巖建校，將之作為臨時校舍。
1922年（日大正11年）5月8日，台北州立第二高級中學依地方人士之倡議，設校於艋舺清水巖；之後在1925年（日大正14年）於樺山車站附近興建新校舍（地點為今台北市濟南路一段71號），在翌年（1926年）夏天落成啟用，並訂定5月17日鄭成功登陸台灣之日為該校之校慶日，同年5月30日，該校正式從艋舺清水巖遷往新址。
二戰後，台北州立第二高級中學於1946年奉令更名為台灣省立台北第二中學，之後依眾議定名為台灣省立台北成功中學，用以紀念民族英雄鄭成功，而台灣省立台北第一中學亦同時更名為台灣省立建國中學，乃寓中華民國國父孫中山「建國成功」之意。
1982年5月《文化資產保存法》制定之初，係將古蹟區分為第一級、第二級、第三級三種。艋舺清水巖祖師廟於1985年8月19日由內政部公告為第三級古蹟，後於1997年4月《文化資產保存法》第二次修法時，改為市定古蹟，再於2000年1月《文化資產保存法》第三次修法時，改為直轄市定古蹟迄今。
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